Renji Aso to chłopak, który zastanawia się nad swoją przyszłością. Cały czas wierzy, że odnajdzie w sobie jakiś talent, który mógłby rozwinąć. Uwielbia czytać książki. Pewnego dnia znajduje spokojne miejsce - opuszczoną stację, gdzie może się w ciszy i spokoju oddawać swojemu hobby. Któregoś dnia zastaje tam dziewczynę, która ma opatrunek na oku. Przedstawia się jako Chichiro Shinto. Wygląda na samotną i z niewiadomego powodu nie chodzi do szkoły. Od tego momentu codziennie ją tam spotyka. Hiro Hirono - chłopak rysujący mangę dla dziewczyn pewnego wigilijnego wieczora wybiera do kościoła, aby przyjrzeć się jak ma go narysować. Otrzymuje maila i przypomina sobie, że ten wigilijny wieczór ma spędzić w koleżankami, w tym z Kei Shindou . W drodze na imprezę jedzie do kościoła i na kartce szkicuje go. Nagle dziewczyna o imieniu Miyamura Miyako zabiera jego rower i zaczyna gonić złodzieja, który ucieka na skuterze. Daleko jednak nie udaje się jej zajechać, gdyż zagapia się i w coś mocno uderza. Chłopak znajduje ją nieprzytomną, leżąca na chodniku. Okazuje się, że złodziej ukradł jej telefon, pieniądze i klucze do domu. Hiro zgadza się jej pomóc.

Historia rozpoczyna się od pokazania nam młodej dziewczyny o imieniu Lucy, uciekającej w dziwnych okolicznościach z umieszczonego na wyspie u wybrzeży Kamakury laboratorium naukowego. Dziewczyna wydostaje się stamtąd, zabijając przy tym dużą liczbę strażników przy użyciu swych nadprzyrodzonych mocy. Trafiona kulą z karabinu przeciwczołgowego w dziwny hełm, który ma na głowie, wpada z klifu do wody, dzięki czemu wydostaje się z wyspy. Lucy jest Dicloniusem - istotą podobną do człowieka, mającą jednak na głowie dwa małe rogi, przypominające nieco kocie uszy. Dicloniusy zawdzięczają telekinetyczne moce vectorom - wyrastającym im z pleców niewidzialnym ramionom, stanowiącym potężną broń. Dzień po ucieczce Lucy chłopak o imieniu Kouta przybywa do Kamakury, by spotkać się ze swą kuzynką, Yuką. Chce on studiować w lokalnym uniwersytecie, dostaje więc zakwaterowanie w postaci starego zajazdu należącej do rodziny Yuki pod warunkiem spełniania w nim obowiązków dozorcy. Gdy chłopak w końcu spotyka kuzynkę, udaje się wraz z nią na plażę, którą ostatnio odwiedzał, gdy był jeszcze dzieckiem. Dwójka bohaterów nieoczekiwanie znajduje nad brzegiem morza nagą, krwawiącą dziewczynę. Jest nią Lucy, która w wyniku urazu głowy spowodowanego postrzeleniem wykształciła w sobie podwójną osobowość. W przeciwieństwie do okrutnej i wręcz sadystycznej Lucy jej druga osobowość jest niezwykle łagodna, nieszkodliwa i na początku niebędąca w stanie wymówić niczego poza Nyū. Nie wiedząc co z nią zrobić, Kouta i Yuka biorą dziewczynę do opustoszałego hotelu, w którym odtąd ma mieszkać chłopak, i opiekują się nią, nadając jej imię Nyū. Yuka szybko decyduje, iż najlepiej będzie, jeśli zamieszka w zajeździe razem z kuzynem i Nyū. Kouta, Nyū i Yuka zaczynają przyzwyczajać się do mieszkania w zajeździe, a główna bohaterka zaczyna pogłębiać stłumione w Koucie bolesne wspomnienia z jego przeszłości. Tymczasem laboratorium, gdzie Lucy była przetrzymywana, zaczyna wysyłać zarówno ludzi, jak i Dicloniusy, których celem jest schwytanie dziewczyny.

Fabuła gry osadzona została w fantastycznym, pełnym magii i dziwacznych stworzeń, świecie Elios. Gracze mogą wcielić się w jedną z zamieszkujących je postaci i podjąć się szeregu misji, które mają uratować krainę przed zagrażającymi jej niebezpieczeństwami.

Endra, nieznany świat znajdujący się pod powierzchnią Ziemi. Jest to zupełnie inna rzeczywistość, którą oświetlają wielkie Adamas, zaś siedmiokolorowe wstęgi dryfują w przestworzach. Pewnego dnia Shun Asanaga, zwyczajny choć wyjątkowo pozytywnie nastawiony do życia, 15-letni gimnazjalista ze „Świata na Powierzchni”, znajduje w gabinecie swojego ojca-naukowca tajemniczy kryształ. Po jego dotknięciu nastolatek, ku ogromnemu przerażeniu, zostaje w jednej chwili przeniesiony do Endry! Na miejscu spotyka 16-letniego Księcia Emilio, który został wrzucony do lochów za próbę zabójstwa aktualnego króla Delzaine’a. Jaka przyszłość czeka na tę dwójkę młodzieńców wychowanych w dwóch różnych światach? I czy uda im się połączyć siły, mimo że ich cele, powrót do domu oraz zemsta na obecnie panującym królu, są od siebie tak odmienne?

W 198 roku specjalne jednostki straży pożarnej walczą ze zjawiskiem zwanym spontanicznym samospalaniem ludzi, w którym to istoty ludzkie zamieniają się w żywe płomienie zwane „Piekielnikami”. Podczas gdy Piekielniki są przypadkami spontanicznego samospalania, to już późniejsze pokolenia posiadają zdolność manipulowania płomieniami przy zachowaniu ludzkiej formy. Shinra Kusakabe, który zyskał przydomek Ślady Stóp Szatana, za swoją zdolność do podpalenia stóp, dołącza do 8 Jednostki Specjalnej Straży Pożarnej, która składa się z innych użytkowników płomieni pracujących nad pacyfikowaniem Piekielników.

Świat przeżył kilka poziomów apokalipsy i jeszcze mu mało. Pewna wysoko urodzona pani policjant ratuje miasto przed kolejną cybernetyczną apokalipsą maszyn.

Akcja komedii rozgrywa się wokół osoby Masamune Izumiego, który jest licealistą tworzącym light novele. Jego młodsza siostra – Sagiri, jest zamkniętą w sobie dziewczyną, która od roku nie opuściła swojego pokoju. Zmusiła nawet brata, żeby przynosił jej posiłki. Masamune pragnie, aby jego siostra wyszła z zamknięcia, ponieważ są dla siebie jedyną rodziną.

Świat ten doświadczył już wiele Zmierzchów, zaś jego istnienie powoli acz nieuchronnie zmierza ku końcowi. Mimo to gdzieś na zachodnich rubieżach leży “Kraina Zmierzchu”, gdzie położony jest kraj prosperujący dzięki sztuce alchemii. Mieszkający tam ludzie skupili swe wysiłki na zrekonstruowaniu dawno straconych alchemicznych technologii, licząc, że pomoże im po przetrwać nadchodzący “Koniec Zmierzchu”. Wszystko co udało im się odtworzyć z wiedzy minionych pokoleń zostało zgromadzone w mieście badań nad alchemią, znanym jako Centrala, gdzie próbowano ustalić jak powstrzymać postęp “zmierzchu”. Jednym z naszych bohaterów jest młody chłopak, Logy, zajmujący się badaniami nad alchemią w Centrali, drugim zaś dziewczyna o imieniu Escha, mieszkająca w małym miasteczku blisko granicy. Pragnąc spożytkować swoją wiedzę o pradawnej alchemii na pomaganie ludziom, zostaje ona przydzielona do Departamentu Rozwoju. Logy, po nauce w Centrali, prosi o przeniesienie do mniejszego miasteczka, by móc tam wykorzystać nabyte umiejętności – on także zostaje skierowany do Departamentu Rozwoju, na miejscu zaś spotyka Esche. Dwójka ta składa sobie przysięgę, że posługując się alchemią wspólnie sprawią, iż ich nowe miejsce pracy odniesie sukces!

14-letni chłopiec imieniem Renton bardzo pragnie dostać się do grupy Gekkostate, która przy użyciu mechów przeciwstawia się obecnym władzom. Pewnego dnia poznaje Eurekę, młodą pilotkę bojowego robota, której pomaga wyjść z opresji. Zostaje przyjęty do grupy jednak aby wykazać się w walce będzie musiał sporo ćwiczyć.